PCR法的特别注意事项：PCR法首要注意的是不同检体间相互混合反应的问题，对此，应该将阳性控制检体及阴性控制检体同时进行PCR反应。另外可能的话，希望从检体DNA淬取阶段再--次作鉴验，以确认其再现性。一般PCR法只要检体的量达1ng以上，就可以得到充分的PCR产物，所以，只要在无菌环境操作或依照前述的基准操作即可减低检体混合的危险。
又如nested-PCR这种高感度的PCR法产生混合的危险很高，所以希望不要使用。对于采用此种鉴定方法时，必须能够提出证明有排除发生检体污染的可能。
PCR污染中更应注意的是PCR产物的混人（ carry-over,转人） ,200个碱基对左右的PCR产物，即1 Pg（10~"2）经过数百万次的复制后，相当于数个μg（10-°）的染色体DNA.因此，处理PCR反应后产物的器具与处理PCR反应前样品的器具必须严格地被分离。防制此种污染情形更确实的方法是将PCR反应之前处理场所与PCR反应后之处理场所予以隔离。
PCR法另外的问题是对偶**未被复制出来，尽管是异质结合体，在外观上也会被判定为同质结合体。这是一方对偶**引子（ primer）的结合部位有变异而使引子无法结合，或是一方对偶**长度过长而降低增幅效率等因素致成。这些情况一方面会扭曲对偶**出现频率的建立，另一方面也可能成为排除真实亲子关系的原因。亲子鉴定所使用的**位有关同质结合体资料的处理方法，希望是有明确且容易的PCR反应条件者。
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| 鉴定类型 | 亲子鉴定样本 | 检测身份 | 检测周期 | 鉴定费用 | 备注 |
| 个人（隐私）亲子鉴定 | 血痕、囗腔棉签, 毛发、烟头 | 父（母）子，女二联体 | 5天 | 1000-2000/样本 | PP28位点超精确检测 |
| 精斑、口香糖等样本 | 父母子三联体 | 5天 | PP28位点超精确检测 | ||
| DNA亲子鉴定 | 血痕、囗腔棉签、毛发、烟头 | 父（母）子，女二联体 | 5天 | 1000-1800/样本 | PP28位点超精确检测 |
| 精斑、口香糖等样本 | 父母子三联体 | 7天 | PP28位点超精确检测 | ||
| 亲缘鉴定 | 血痕、血液 | 叔侄、爷孙等近亲属 | 10天 | 1500-2500/样本 | 常规检材 |
| 无创胎儿亲子鉴定 | 血液、指甲、精斑等样本 | 女方、疑父 | 5~7天 | 5000-10000/样本 | 孕期5周以上，检测13000个位点 |
| 特殊样本检测 | 烟蒂、指甲、精斑 | 任一个人 | 5天 | 1400-2000/样本 | 口香糖、口杯、吸管、肌肉组织、经血、鼻血、纯精斑、胎儿流产物 |
| 精斑、血斑 | 精斑、血斑 | 特定检材 | 5天 | 500-1600/样本 | 人精斑、人血斑 |
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